Zabieg Techniką Bowena polega na wykonywaniu przez terapeutę specyficznych 'Ruchów Bowena’. Są to łagodne ruchy kciukami i palcami dłoni na mięśniach, ścięgnach, więzadłach i tkance łącznej pacjenta, wprawiające te struktury w delikatną wibrację. Wibracja ta rozchodzi się po całym organizmie, m. in. przenoszona jest przez układ nerwowy do mózgu. Kombinacje takich wibracji stanowią sygnały, mobilizujące organizm do uruchomienia procesów samoleczenia.
Pomiędzy każdą sekwencją ruchów następuje konieczna kilkuminutowa przerwa, w czasie której pacjent leży i odpoczywa w samotności, podczas gdy jego ciało wykorzystuje potrzebny dla siebie czas do przesłania i przetworzenia sygnałów oraz zainicjowania procesów naprawczych.
Czas trwania zabiegu wynosi ok. 15 – 45 minut, czyli na sesję należy przeznaczyć ok godzinę. Wyjątek stanowi pierwsze spotkanie, które trwa ok 1,5 godziny, gdyż terapeuta zobowiązany jest do przeprowadzenia szczegółowego wywiadu dotyczącego stanu zdrowia pacjenta: przebyte choroby, wypadki, kontuzje, operacje, wydarzenia traumatyczne, obecne dolegliwości, wcześniej stosowane terapie, przyjmowane leki. Należy omówić także rodzaj wykonywanej pracy, hobby, sytuację rodzinną, sposób odżywiania się, stosowanie używek. Terapeuta Bowena nie zajmuje się diagnozowaniem. Przebieg terapii ustala na podstawie wywiadu z pacjentem, dostarczonych przez niego wyników badań i własnej obserwacji.
Sesje terapeutyczne wykonuje się co 5 do 10 dni – najlepiej raz w tygodniu. Spowodowane jest to faktem, iż organizm potrzebuje kilku dni, aby wykonać prace naprawcze. Przyjmuje się, że praca organizmu trwa 5 dni, choć zdarza się, że trwa dłużej. W tym czasie nie wskazane jest wykonywanie kolejnego zabiegu Bowena, gdyż przerwie on trwający proces i organizm znajdzie się znów w punkcie wyjścia, będąc zmuszonym całą pracę wykonać od nowa. Wyjątek stanowi tu nowy lub odnowiony uraz, nagłe zachorowanie, gdzie należy skontaktować się ze swoim terapeutą jak najszybciej.
Optymalną pozycją jest pozycja w leżeniu na brzuchu, następnie na wznak. W szczególnych przypadkach zabieg można zrobić w innej pozycji np.: siedzącej. Priorytetem jest komfort pacjenta. Zabiegi dzieciom można wykonywać w dowolnej pozycji, umożliwiającej dostęp do mięśni. Podczas przerw dzieci nie muszą leżeć, mogą biegać bawić się, lub siedzieć u mamy na kolanach.
Terapeuta może pracować zarówno na gołej skórze jak i poprzez cienką bawełnianą odzież.
W przeciwieństwie do innych terapii bezpośrednich, w Technice Bowena zabieg nie polega na zastosowaniu siły fizycznej. Jest on bezbolesny i nieinwazyjny. W czasie jego trwania Terapeuta wykonuje niewiele ruchów. W tej technice panuje zasada 'im mniej tym lepiej’, a jej rozszerzeniem jest zasada 'im bardziej chory pacjent, tym mniej ruchów podczas sesji’.
Celem terapii jest z reguły przywrócenie równowagi całego organizmu, ale może być też konkretny problem.
Najczęstszą natychmiastową reakcją na wykonane ruchy jest głębokie odprężenie, a nawet zasypianie. Odprężenie dotyczy zarówno napięcia mięśniowego, jak i samopoczucia psychicznego. Powszechnie też pacjenci odczuwają różnego rodzaju wrażenia w całym ciele, lub w niektórych jego częściach, które definiują na swój sposób, np. uczucie ciepła, zimna, mrowienie, wibracje, przepływ energii, drętwienie, ból, rozluźnienie, rozciąganie, przyśpieszone bicie serca, również reakcje emocjonalne (śmiech, płacz itp.). Jakakolwiek zmiana samopoczucia, czy to odczuwana przez pacjenta, czy zaobserwowana przez terapeutę, jest objawem pozytywnym – oznacza że organizm podjął pracę.
Głęboki relaks jest gwarancją skuteczności terapii, z tego też względu terapeuta powinien zadbać o komfort pacjenta i ciszę podczas zabiegu (nie należy włączać muzyki).
Pierwsze efekty terapeutyczne mogą być zauważalne już po pierwszej sesji.