Technika Bowena przynosi swoje prawdopodobnie najważniejsze i najbardziej przełomowe efekty właśnie tu, gdzie organizm zarządza własnymi mechanizmami samoleczenia. Autonomiczny układ nerwowy kontroluje 80% funkcji organizmu i jest szczególnie uwrażliwiony na bodźce stresowe z zewnątrz. Większość ludzi w dzisiejszych czasach żyje w stanie permanentnego stresu o wysokim natężeniu i w konsekwencji jest narażona na nadmierną stymulację układu współczulnego (pobudzającego). Proces leczenia ma miejsce w momencie przestawienia dominacji z układu współczulnego na dominację układu przywspółczulnego (hamującego). Technika Bowena wydaje się być katalizatorem takiej zmiany. Podczas sesji pacjenci często bardzo szybko zasypiają, bądź zapadają w głęboki stan relaksacji i można usłyszeć głośną pracę jelit, co jest oznaką przejścia na dominację układu przywspółczulnego wraz z uwolnieniem od stresu na bardzo głębokim poziomie. W ten sposób można wyjaśnić, dlaczego zaledwie kilka Bowenowych sesji często wystarczy, aby reaktywować proces leczenia w sytuacjach, gdzie proces powrotu do zdrowia po np. traumatycznym przeżyciu czy chorobie nagle się zatrzymał lub osiągnął pewien stały poziom.